Durante su periodo de formación, Moreno ganó, entre otras, el primer premio en el Incontri Chitarristici di Gargnano (1977). Se ha especializado en la interpretación histórica, con un repertorio muy amplio (desde el siglo XVI a principios del XX) que interpreta con instrumentos de época, originales o copias fidedignas: viola de mano, guitarra renacentista y barroca, laúd renacentista y barroco, tiorba y guitarra clásico-romántica. De hecho, José Miguel Moreno es unánimemente reconocido como uno de los grandes especialistas del momento y ha actuado en los festivales y centros musicales más importantes de Europa, Australia, Asia y América.

Premiado con diversos galardones que otorga la prensa especalizada, José Miguel Moreno ha colaborado regularmente con Teresa Berganza y realizado numerosas giras y grabaciones con Hespèrion XX (entre ellas, las Lachrimae de John Dowland, para laúd y conjunto de violas). El 1990 fundó el Ensemble La Romanesca y el 1999 el conjunto Orphenica Lyra, dedicados los dos a la interpretación de la música renacentista y barroca española y europea. Su tarea pedagógica, desarrollada desde 1980, le ha llevado a ser profesor invitado de universidades, conservatorios y cursos en Europa, América y Asia. Junto a la luthier Lourdes Uncilla ha investigado la construcción histórica de los instrumentos de la familia del laúd y la guitarra. José Miguel Moreno ha grabado para Philips, EMI, Glossa, Deutsche Harmonia Mundi y Astrée.